首先、衣原体感染是一种致病的微生物，也是一种病毒的情况引起的，不过要注意的就是衣原体并不是细菌，对它与病毒及细菌的相似性来说，衣原体通常是导致疾病的产生源头。从疾病的定义角度而言，所谓“性病”就是指以性接触为主要传播方式的疾病，但它并不是指所有“性病”都由性接触或“性乱”所引起。衣原体感染是一种由衣原体引起的，人类、鸟类、家畜类的眼、关节、呼吸系统、神经系统、泌尿生殖系统疾病。衣原体感染能够引起某些性病，但不能说它就是性病。
其次、衣原体的种类很多，不同的衣原体可引起人类、鸟类及哺乳类动物(如家畜、啮齿类动物)的眼、泌尿生殖道、呼吸道、神经系统、关节、胎盘和全身感染。引起人类衣原体感染的主要病原有沙眼-包涵体结膜炎衣原体、花柳性淋巴肉芽肿衣原体和鹦鹉热衣原体。
最后、衣原体感染引起的某些泌尿生殖系统疾病，也的的确确能通过性接触传播，属于性病的范畴。例如，衣原体感染的尿道炎是非淋菌性尿道炎的一种，属于性传播疾病之一。
