第一，甲硝唑片用于预防和治疗厌氧菌引起的感染，如呼吸道，消化道，腹腔及盆腔感染，皮肤软组织，骨和骨关节等部位的感染以及脆弱拟杆菌引起的心内膜炎，败血症及脑膜炎等，此外还广泛应用于预防和治疗口腔厌氧菌感染。
第二，它有强大的杀灭滴虫的作用，其机理未明。甲硝唑对厌氧微生物有杀灭作用，它在人体中还原时生成的代谢物也具有抗厌氧菌作用，抑制细菌的脱氧核糖核酸的合成，从而干扰细菌的生长、繁殖，最终致细菌死亡。对某些动物有致癌作用。
第三，它用于治疗肠道和肠外阿米巴病（如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等）。还可用于治疗阴道滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病、麦地那龙线虫感染等。目前还广泛用于厌氧菌感染的治疗。
